船舶留置權是我國《海商法》規定的對于船舶的留置權，依據《海商法》第二十五條的規定，船舶留置權，是指造船人、修船人在合同另一方未履行合同時，可以留置所占有的船舶，以保證造船費用或者修船費用得以償還的權利。船舶留置權在造船人、修船人不再占有所造或者所修的船舶時消滅。而對于船舶的扣押，原因則有許多種，包括船舶優先權人行使優先權向海事法院申請扣押船舶，普通債權人在訴前、訴訟中或是人民法院在執行階段進行的扣押，海事行政部門對船舶的行政扣押等。關于行使船舶優先權，《海商法》第二十五條已經對船舶優先權、船舶抵押權和船舶留置權做了受償順序的規定，本文并不討論。我們單就訴訟保全和執行階段的扣押（司法扣押）和船舶留置權的沖突展開討論。
司法扣押當中，以執行程序為例，依照《最高人民法院關于人民法院民事執行中查封、扣押、凍結財產的規定》的相關規定，人民法院可以查封、凍結、扣押被執行人財產。對于第三人占有的動產或者登記在第三人名下的不動產、特定動產及其他財產權，第三人書面確認該財產屬于被執行人的，人民法院可以查封、扣押、凍結。也就是說，人民法院在確認是被執行人所有的船舶后才能扣押。司法扣押是否限制或者剝奪了船舶留置權呢？并沒有。從兩方面來看：1法律沒有明確規定法院扣押了船舶后限制留置權人行使留置權，依據我國《民法典》的相關規定，留置權系擔保物權，如果就此剝奪留置權，與我國“物權法定”的基本原則相悖。普通留置權如此，船舶留置權亦如此。
2相關司法解釋給予留置權以保護。《最高人民法院關于人民法院民事執行中查封、扣押、凍結財產的規定》第十三條規定，查封、扣押、凍結擔保物權人占有的擔保財產，一般應當指定該擔保物權人作為保管人;該財產由人民法院保管的，質權、留置權不因轉移占有而消滅。
同時，《最高人民法院關于人民法院民事執行中拍賣、變賣財產的規定》第三十一條規定，拍賣財產上原有的擔保物權及其他優先受償權，因拍賣而消滅，拍賣所得價款，應當優先清償擔保物權人及其他優先受償權人的債權，但當事人另有約定的除外。
在（2020）粵72民初337號江門市航運船舶修造有限公司與陳健超保管合同糾紛一案當中，法院認為，法律未明確規定法院扣押船舶限制船舶保管人依法主張留置權，而且因與保管人無關的其他糾紛在保管廠扣押船舶，就使保管人喪失本應享有的留置權，有悖公平的基本法律原則。并判決了江門公司對船舶具有留置權，應優先受償。
